كلاهما من المجاهر الألكترونية التي تستعمل الكترونات لفحص العينة, ولكن في المجهر النافذ تخترق الألكترونات العينة لتسقط على فيلم فوتوغرافي او شاشة مفلورة, بينما في المجهر الماسح يتم مسح العينة بواسطة الألكترونات عن طريق ملفات مغناطيسية ماسحة فترتد الألكترونات عن سطح العينة ليتم التقاطها بواسطة كاشف خاص, ويتم تكبيرها لتظهر صورة ثلاثية الأبعاد للعينة على شاشة خاصة.