يعتبر مياه الامطار هو العامل الاساسى المتحكم فى تغذية مياه البحيرة فقد تصل نسبة امداد مياه الامطار للبحيرة 80 % فتعتبر هى الجزء الاكبر الذى يمد البحيرة بالتغذية
كما ان هناك بعض الانهار الصغيرة التى تصب بالبحيرة و تغذيها بالمياه ايضا مثل نهر نياندو و نهر كاجوا و نهر سوا
و تعتبر بحيرة فيكتوريا هى احد مصادر منبع نهر النيل الابيض