اكثر نظائر الهيدروجين وفرة في الطبيعة الهيدروجين العادي الذي لا تحتوي نواته على اي نيوترون بل على بروتون واحد فقط, وهو مكون رئيسي لماء الشرب, اما النظائر الأقل وفرة في الطبيعة فهي الديوتيريوم والتريتيوم المشع, ويستعمل الديوتيريوم لإنتاج الماء الثقيل المهم لتبريد المفاعلات النووية, بينما يستخدم التريتيوم في الإندماج النووي, يذكر ان هناك نظائر اخرى للهيدروجين يتم تحضيرها في المختبر.