علاج خلل الهرمونات يكون عن طريق التشخيص المناسب لمعرفه سبب الخلل فهناك العديد من الهرمونات في الجسم والتي قد تختل بسبب وجود العديد من المشاكل وبشكل عام :
هرمون الاستروجين قد يوصف في حالات نقصه وقد ينقص بعد انقطاع الطمث ويحدث جفاف للمهبل والم في العلاقه ومضادات الاندروجين قد توصف لان علوها قد يسبب تساقد للشعر ووسائل منع الحمل الهرمونيه للمساعده على تنظيم الدوره الشهريه وهرمون التيستوستيرون للرجال في جال نقصه وهرمونات الغده الدرقيه في حال وجود قصور في عمل الغده
والعديد من المشاكل الاخرى التي تحل حسب الخلل