تتنوع أصناف المعقمات التي يتم إستخدامها في المصانع ومنها :
- الكلوراين -Chlorine :وهو عبارة عن مركب كيميائي , عادة يستخدم في المنشآت الغذائية , والذي يعتبر رخيض إقتصادياً , ويقضي على العديد من الميكروبات .
- ايوداين -Iodine : وهو مخصص لقتل البكتيريا المسببة للإمراض الموجودة على أيدي العاملين .
- كواتز Quats : وهي عبارة عن مركبات أملاح الأمونيا والتي تستخدم كمعقم في منشآت الأغذية, والذي يغد عالية الثباتية على درجات حرارة عالية , وخيار جيد للأجهزة التي لا نستطيع تحركيها "In-place Equipment "