من الصعب التفريق بين التهاب الجيوب الأنفية الفيروسي والبكتيري، إذ أنهما يتشابهان بشكل كبير في الأعراض التي يسببها كل منهما. عموماً تكون الأعراض الناتجة عن العدوى البكتيرية أكثر شدة، فتسبب ألماً شديداً في الوجه، وتكون الإفرازات المخاطية فيه أكثر كثافة وذات لون داكن. كما قد يستمر الاتهاب الناتج عن البكتيريا لأكثر من 10 أيام، وقد تزداد حالة المريض سوءاً على الرغم من تحسنه خلال الأيام الأولى من الالتهاب، وذلك يدل على إصابته بعدوى بكتيرية بعد الإصابة بفيروسية.