خل التفاح يسبب جفاف الشعر وبهتان لونه، كما أنه يمكن أن يسبب بعض المشاكل للجهاز الهضمي مثل :
- تقليل الشهية .
- الغثيان .
- حروق المريء إذا كان هناك إفراط في استخدامه .
كما يمكن أن يتسبب الإفراط في تناول خل التفاح إلى هشاشة العظام، وانخفاض مستوى البوتاسيوم، والتسبب في مشاكل الأسنان عن طريق تآكل المينا .