وفقا لما تم الاعلان عنه رسميا من قبل النيابه العامه المصريه و التليفيزيون المصري , فقد توفي الدكتور محمد مرسي عقب سقوطه في المحكمة , اثناء محاكمته , نتيجة لحالته الصحية المتدنيه , مما تسبب في وفاته .
و هناك اقوال بانه رحمة الله عليه كان رافضا للعلاج , و هناك اقوال اخري من اسرته و مؤيدية تفيد بانه قد منع عنه العلاج حتي توفاة الله .
و حتي الان فأن الحقيقه لا يعلمها الا الله تعالي , و لكن الاجماع كان بين مؤيدية و معارضيه ان السبب الرئيسي في وفاته هو حالته الصحية المتاخره .